Ubicado en Madrid desde su origen, el Instituto Moll dispone de una biblioteca especializada en los temas relacionados con sus líneas de investigación. Actualmente cuenta con más de 300 volúmenes y está abierta a la consulta de investigadores, previa petición por correo electrónico o contacto telefónico con los responsables del Centro.
Entre sus fondos figuran catálogos de exposiciones, actas de congresos, monografías de grandes pintores, diccionarios de artistas y artículos especializados en diversos idiomas. Toda esta documentación se complementa con las imágenes compiladas en la Fototeca del Instituto Moll. Estas fotografías originales de pintura flamenca y española, la mayoría en blanco y negro, son un importante testimonio de piezas cuyo paradero se desconoce actualmente.